Az első kegykép megfestését Csigri László pócsi bíró rendelte meg fogadalomból, hogy a török fogságból kiszabadult. Festője Papp István volt, a pócsi pap öccse.

1686-tól az osztrák császári seregek a magyarokkal leigázott népként bántak, a birodalomba való beolvasztásukra törekedve. A Szűzanya talán ezért sirathatta meg hűséges magyar népét. Az első könnyezés 1696. november 15-től december 19-ig tartott, melynek során a Szűzanya ikonjának szemeiből emberi könnyek folytak.

Fenesy György egri püspök a könnyezés hírére vizsgálatot rendelt el, s a hívek nagy tömege megesküdött a könnyezés hitelességére, melyet jegyzőkönyvbe foglaltak. A hír csakhamar annyira elterjedt, hogy a császári udvarban I. Lipót császár is értesült róla, s elrendelte a kegykép Bécsbe szállítását. 1697. március 1-jén a szent ikont levették a pócsi kis fatemplom ikonosztázionjáról, s útnak indították, Nagykálló–Tokaj–Bárca–Kassa–Eger–Pest–Buda–Győr–Bécs útvonalon. A kegykép a császárvárosba 1697. július 4-én érkezett meg, ahol diadalmenetben vitték templomról templomra, fényes ünnepségek közepette, míg végül a Szent István-dóm (Stephansdom) egyik mellékoltárán nyert végső elhelyezést, s ez az első máriapócsi kegykép ma is ott található, bár Bécsben többé nem könnyezett.

A pócsi híveket és az egész magyar népet felháborította, hogy a császár elvitte a becses ikont. A császár megígérte ugyan, hogy ad egy másolatot a pócsiaknak, de ígéretét nem teljesítette. A későbbi években visszakerült egy másolat a pócsi kis fatemplomba, de ez nem a császár, hanem Telekessy István egri püspök adománya volt. Ezt a másolatot az első kegykép elvitelekor, Bárcán készítette egy jezsuiták által megbízott festő, s ez lett a második kegykép.

A Szűzanya ugyanis megmutatta, hogy ő nem az ikont, hanem a helyet: Pócs községet választotta ki magának. Továbbra sem szűnt meg csodákat tenni, és 1715. augusztus 1-jén, 2-án és 5-én ez az új ikon is könnyeket ontott. A második könnyezésnek is számos szemtanúja volt, akik a gróf Erdődi Gábor Antal egri püspök által elrendelt egyházi vizsgálatnak alávetve magukat, eskü alatt tanúsították a csoda hitelességét. Ezután az egri püspök kegyhellyé nyilvánította Pócs községet.

A Szűzanya továbbra sem szűnt meg csodákat tenni a kegyhelyen. Zarándoklatok is indultak a kegyhelyre. Ehhez a kis fatemplom már kicsinek és rozogának bizonyult, így új, kőből való templom épült barokk stílusban. 1751-től férfi, majd 1935-től női szerzetesek is megtelepedtek a kegyhelyen, akik csak a kommunista államhatalom alatti években voltak kénytelenek szolgálatukat, imaéletüket és tevékenységüket szüneteltetni, egyébként ma is ott élnek.

1905. december 3-tól 19-ig, valamint 30-án és 31-én ismét könnyezett a Szűzanya második kegyképe. Firczák Gyula munkácsi püspök elrendelte a harmadik könnyezés hivatalos kivizsgálását. A vizsgálat során ismét számos szemtanú vallotta eskü alatt, hogy látta a szent könnyeket.

Máriapócs azóta is nagy tisztelettel övezett kegyhely nemzetünk számára. Jelentőségét a Szentszék is elismerte, amikor a kegyhelytemplomot XII. Piusz pápa 1948-ban „Basilica minor” rangra emelte. 2005-ben, a harmadik csodás könnyezés 100. évfordulóján pedig Erdő Péter bíboros, prímás, esztergom-budapesti érsek a nemzet kegyhelyévé tette.